Oficialmente o clube foi fundado em 1966 na então Berlim Oriental, capital da República Democrática Alemã, a chamada Alemanha Oriental, que de democrática só tinha o nome.
Tem como origem o antigo SC Olympia 06 Oberschönweide fundado em 1906 no distrito berlinense homônimo e renomeado para SC Union 06 Oberschöneweide em 1910. O Union foi uma das principais associações da capital alemã durante a Primeira Guerra Mundial, vencendo regularmente o campeonato local e competindo em nível nacional. Em 1923, chegou à final do Campeonato Alemão, mas perdeu para o Hamburgo.
Depois da Segunda Guerra Mundial as autoridades aliadas desmantelaram todas as associações, inclusive as esportivas. No fim de 1945 foi fundado o SG Oberschönweide, que jogou o campeonato posterior ao conflito. A equipe sofreu o rebaixamento após uma medíocre temporada, mas foi promovida na nova Oberliga Berlin e, em 1947, com o nome de SG Union 06 Oberschöneweide, venceu o campeonato.
Pouco depois houve uma divisão. Em 1950 uma parte da equipe se mudou para a zona o oeste de Berlin, administrada pelos EUA, e fundou o SC Union 06 Berlin, enquanto o restante permaneceu na parte leste da cidade e mudou o nome para Union Oberschönweide. O novo time ocidental foi um dos melhores da cidade até a construção do Muro de Berlim, em 1961, tendo sido capaz de agregar enormes massas de pessoas às partidas no Estádio Olímpico de Berlim.
O clube que permaneceu à leste do muro, na parte da cidade administrada pelos soviéticos, mudou de denominação por diversas vezes, fato comum na Alemanha Oriental e leste europeu. Union Oberschöneweide (1950), BSG Motor Oberschöneweide (1951), SC Motor Berlin (1955), TSC Oberschöneweide (1957), TSC Berlin (1963) e enfim, em 1966, adquiriu a intitulação atual.
Tornou-se a equipe mais popular da capital Berlim Oriental, engajando uma intensa rivalidade com o Dínamo de Berlim, o chamado time da Stasi, que contava com total apoio governamental, inclusive com diversas arbitragens duvidosas. Durante esse período, venceu apenas uma Copa da Alemanha (FDGB Pokal), em 1968, ao bater o Carl Zeiss Jena por 2 a 1 e chegou a final do mesmo troféu, em 1988, ao perder para a Lokomotive Lepzig por 5 a 1.
Por não ser apadrinhado pelo governo, o Union acabou tornando-se o clube preferido dos descontentes com o comunismo no país. Apesar dos resultados modestos, atraía mais público do que o rival Dínamo, a despeito do vizinho lograr uma sequência de dez títulos seguidos no campeonato alemão-oriental. É importante lembrar que a direção do Union jamais ter sido opositora formal do Estado ou do regime socialista e seu próprio presidente Dirk Zingler, ele mesmo ex-membro do exército, chegou a ressaltar que boa parte da história foi simplificada e romantizada por seguidores e imprensa.
Com a reunificação da Alemanha, ocorrida em 1990, o clube fez um amistoso com o Hertha Berlin, com as duas torcidas confraternizando e celebrando à queda do muro e à consequente reunificação. Nessa época o Union continuou a oferecer boas prestações em campo, mas arriscou-se várias vezes a sofrer um colapso financeiro. Apesar disso, venceu a divisão regional, em 1993, e no ano seguinte, a federação privou a equipe, em ambas as ocasiões, da licença de jogar a Zweite Bundesliga. Nesta época a cantora Nina Hagen (por aqui conhecida como a Garota de Berlim, do Supla), torcedora do clube, chegou a fazer um show para arrecadar dinheiro para o clube, que quase foi à falência em 1997.
O Union foi promovido para a terceira divisão em 2001, sob o comando do treinador búlgaro Georgi Vasilev, depois de vencer com relativa facilidade a Regionalliga Berlin, tornando-se a segunda equipe mais bem sucedida da capital, depois do Hertha, fomentando a rivalidade entre os dois clubes. No mesmo ano chegou a final da Copa da Alemanha, perdendo para o Schalke 04 e classificou-se para a Copa da Uefa da temporada seguinte, onde chegou à segunda fase.
Apesar disso, o clube foi rebaixado na Regionalliga e depois de um período de sobe-e-desce o clube venceu a terceira divisão de 2008/09. Nessa mesma época a imagem cult do clube voltou a se destacar quando o Union desfez um contrato milionário com um patrocinador devido à revelação que o diretor do mesmo fora da temida polícia secreta na época da Alemanha Oriental. A equipe permaneceu na segunda divisão por dez anos, conquistando uma certa estabilidade e organizando-se financeiramente, para na temporada 2018-19 conseguir o inédito acesso à Bundesliga, ao derrotar o Stuttgart no play-off do acesso, tornando-se a primeira equipe da antiga Berlim Oriental a chegar à elite unificada do futebol alemão, onde permanece até hoje.
Atualmente a antiga rivalidade com o Dínamo de Berlim é praticamente nula, com este disputando as divisões inferiores do campeonato alemão a muitos anos. A relação com o Hertha Berlim é tradicionalmente amistosa, no entanto ambas são as equipes berlinenses com mais presenças na Bundesliga, o que faz com que a rivalidade mude um pouco.
O Union Berlin recebe seus torcedores em seu estádio Stadion An der Alten Försterei (A Velha Casa do Guarda Florestal) não só em seus jogos, mas também em feriados e ocasiões especiais. A tradicional festa de natal é o maior desses eventos, festejada desde 2003 e que já chegou a receber mais de 28 mil torcedores. Na época da Copa do Mundo é normal a administração do clube permitir que seus torcedores tragam sofás ao gramado para assistirem os jogos do Mundial.
Nossa versão mais recente foi feita em lentes de 45mm com arte própria baseada no uniforme da temporada 2015/16, comemorativo de 50 anos do clube, utilizado antes do acesso à primeira divisão. A sigla UNVEU significa Und Niemals Vergessen Eisern Union (E Nunca Esqueça União de Ferro), uma das músicas mais famosas feitas em homenagem ao clube.
